法人化以降、国立大学の授業料は、「国立大学等の授業料その他の費用に関する省令」によって、いわゆる「標準額」が規定されていますが、各大学の判断で標準額の120％（平成１８年度までは110％）を上限（下限は未設定）に、独自の授業料設定が可能となっています。しかし、実際に、学部段階で標準額と異なる授業料設定を行う大学はなく、大学院においても一部に限られていました。
国立大学の授業料は、昭和３８～４６年は12,000円だったものが、昭和５０年代以降急激に高騰し、法人化に至る３０年程で約１５倍上昇しました。しかし、ここ１０年以上、大きな変化は起こっていません。
昭和５０年（1975年）の授業料： 36,000円（入学料 50,000円）
平成１７年（2005年）の授業料：535,800円（入学料28,2000円）
一般に、国立大学の授業料は、私立大学の授業料設定に影響を及ぼすと考えられています。
